Địa bàn xã Trần Phú hiện nay trước đây vốn là hai xã Hữu Thác và Hảo Nghĩa thuộc huyện Na Rì.

Xã Hữu Thác được đổi tên từ xã Quang Trung và xã Hảo Nghĩa được đổi tên từ xã Trần Phú vào ngày 12 tháng 5 năm 1964 theo Quyết định số 150-NV của Bộ Nội vụ.[4]

Trước khi sáp nhập, xã Hảo Nghĩa có diện tích 22,82 km², dân số là 1.474 người, mật độ dân số đạt 65 người/km², có 9 thôn, bản: Nà Tảng, Nà Riềng, Nà Đấu, Nà Coòng, Nà Chót, Khuổi A, Nà Sát, Khu Chợ, Vằng Mười. Xã Hữu Thác có diện tích 24,19 km², dân số là 1.513 người, mật độ dân số đạt 63 người/km², có 12 thôn, bản: Phiêng Pựt, Nà Mền, Đăng, Nà Coóc, Khau Moóc, Nà Mới, Cung Năm, Pác Pấy, Nà Vèn, Khuổi Mỹ, Nà Noong, Khuổi Khiếu.

Ngày 10 tháng 1 năm 2020, Ủy ban Thường vụ Quốc hội ban hành Nghị quyết số 855/NQ-UBTVQH14 về việc sắp xếp các đơn vị hành chính cấp xã thuộc tỉnh Bắc Kạn (nghị quyết có hiệu lực từ ngày 1 tháng 2 năm 2020)[1]. Theo đó, sáp nhập toàn bộ diện tích và dân số của hai xã Hữu Thác và Hảo Nghĩa thành xã Trần Phú.